Em 1998, a Escola Portuguesa de Macau constituía-se como herdeira de três instituições de ensino em língua portuguesa: a Escola Primária Oficial, a Escola Comercial e o Liceu de Macau.

Pelo Decreto-Lei n.º 89-B/98, de 9 de abril de 1998, foi criada a Fundação Escola Portuguesa de Macau, resultado da colaboração entre o Estado Português, a Fundação Oriente e a Associação Promotora da Instrução dos Macaenses.

A Fundação Escola Portuguesa de Macau é uma instituição de direito privado e utilidade pública, que se encontra adstrita a garantir as condições de funcionamento e desenvolvimento de uma Escola Portuguesa em Macau.
A primeira pedra da Escola Portuguesa de Macau foi lançada em 18 de abril de 1998, numa cerimónia presidida pelo então Primeiro-Ministro, Eng.º António Guterres, com a presença, entre outras individualidades, do então Ministro da Educação, Prof. Dr. Marçal Grilo, do então Governador de Macau, General Vasco Rocha Vieira e do Presidente da Fundação Escola Portuguesa de Macau, Eng.º Roberto Carneiro.

A Escola Portuguesa de Macau, com alvará concedido à sua entidade titular pela Direção dos Serviços de Educação e Juventude de Macau, em 21 de agosto de 1998, insere-se no sistema educativo de Macau como instituição educativa particular sem fins lucrativos, nos termos definidos no Decreto-Lei n.º 38/93/M, de 26 de julho.