Em 1998, a Escola Portuguesa de Macau constituía-se como herdeira de duas instituições de ensino em língua portuguesa: o Liceu de Macau e a Escola Comercial Pedro Nolasco.
Pelo Decreto-Lei n.º 89-B/98, de 13 de Abril de 1998, era criada a Fundação Escola Portuguesa de Macau, instituída pelo Estado Português, pela Fundação Oriente e pela Associação Promotora da Instrução dos Macaenses. Esta Fundação, uma instituição de direito privado e utilidade pública, tem por fim garantir as condições de funcionamento e desenvolvimento de uma Escola Portuguesa em Macau.
A primeira pedra da Escola Portuguesa de Macau foi lançada em 18 de Abril de 1998, numa cerimónia presidida pelo Primeiro Ministro, Eng. António Guterres, com a presença, entre outras individualidades, do Ministro da Educação, Prof. Dr. Marçal Grilo, do então Governador de Macau, General Vasco Rocha Vieira e do Presidente da Fundação Escola Portuguesa de Macau, Eng. Roberto Carneiro.
A Escola Portuguesa de Macau, com alvará concedido à sua entidade titular pela Direcção dos Serviços de Educação e Juventude de Macau, em 21 de Agosto de 1998, insere-se no sistema educativo de Macau como instituição educativa particular sem fins lucrativos, nos termos do n.º 1 do artigo 9.º do Decreto-Lei n.º 38/93/M, de 26 de Julho.