O Ensino Secundário, com a duração de três anos e não obrigatório, é contemplado na EPM, a partir do ano lectivo de 2009-2010, com três cursos vocacionados para o prosseguimento de estudos: Curso Científico–Humanístico de Ciências, Curso de Humanidades e Curso de Artes.
Para os alunos que iniciaram o 10º ano no ano lectivo de 2008-2009 a escola oferece quatro agrupamentos: Ciências e Tecnologias, Artes Visuais, Ciências Socioeconómicas e Ciências Sociais e Humanas.
À semelhança dos restantes ciclos de ensino, e no seguimento da implementação dos Novos Planos Curriculares da EPM, os alunos continuam a optar por uma das duas vias possíveis: a A ou a B, consoante optem pelo Mandarim como Língua Estrangeira I ou pela disciplina de Inglês.
Desde o ano de 2004 a EPM tem oferecido a possibilidade de frequência de cursos profissionais, orientados maioritariamente para as áreas do Turismo e da Hotelaria, em regime pós laboral, que têm procurado responder às necessidades de alguns alunos e adultos que assim encontram um complemento da sua formação em Português. Estes últimos estão preparados para a imediata inserção do aluno, caso assim o entenda, no mundo do trabalho da RAEM, (através da passagem de um diploma de qualificação profissional de nível 3) embora seja igualmente possível o prosseguimento de estudos superiores, já que os cursos têm reconhecida equivalência ao Secundário Geral.